مسجد حاجی کفران با مساحتی در حدود ۱۶۰ مترمربع و دارای ابعاد طول ۱۹ و عرض۱۱ و ارتفاع ۶ متر مشتمل بر دو شبستان کوچک و بزرگ است .
مسجد حاجی کفران توسط دو ورودی در شمال و شرق به معبر مجاور متصل می‌شود . ورودی شرقی دارای سردری رفیع است که تزیینات مقرنس سردر و نقوش طرفین زینت‌بخش آن شده‌اند . ورودی توسط راهرویی در راستای شمال جنوب به دو شبستان در این دو جبهه مرتبط می‌شود.
شبستان شمالی مسجد حاجی کفران در دو اشکوب بناشده است که بخش فوقانی دارای محراب جداگانه است. پلکان دسترسی به این فضا در راهروی ورودی مسجد تعبیه‌شده است. محراب زیبای شبستان شمالی با تزیینات مقرنس درزمینهٔ نیم هشت کارشده است .
قطار بندی بخش دوال و تزیینات نقاشی با طرح قندیل از دیگر عوامل تزیینی این بنای تاریخی است . بدنه شمالی شرقی مسجد مشرف‌به معبر است و با جرز و دهانه کارشده است.
